Organisation

• Le périmètre du FMIS est désormais étendu aux établissements médico-sociaux et aux structures d'exercice coordonné en ville. 
• Il contribue actuellement au financement des dépenses d'investissement des établissements de santé, et de leurs groupements ainsi que des dépenses du numérique pour les secteurs sanitaire et médico-social.
• Le FMIS n'a pas de personnalité juridique. Les délégations de subvention aux agences régionales de santé sont effectuées par circulaires ministérielles.

Le montant annuel du financement du FMIS est défini tous les ans, dans le cadre de la loi de financement de la sécurité sociale (LFSS), en fonction des besoins de financement répondant aux missions du fonds. Ils sont identifiés par la Direction générale de l’offre de soins (DGOS) au moment de la détermination des objectifs de dépenses de l’année suivante. Ces besoins évoluent et dépendent notamment des plans de santé publique ou des décisions d’opérations d’investissement.